【会社設立1期目】消費税の還付は受けられる？売上ゼロの期の落とし穴を税理士が解説

「会社を作ったばかりで売上はまだないけれど、準備で払った消費税は戻ってくるのか」——設立したばかりの会社の社長が、最初の決算で迷いやすい点です。結論から言うと、インボイス登録などで課税事業者になり、一般課税で申告して、差し引ける仕入の消費税が売上で預かった消費税を上回れば、会社設立1期目でも消費税の還付を受けられます。ただし、売上がない期は課税売上割合が0％になり、戻ってくるのは原則として「売上のためだけに使った仕入」の消費税だけです。

この記事では、1期目に還付を受けられる会社の条件から、仕入の分け方、分け方を誤って修正申告になった例、2割特例が終わった後の計算方法の選び方まで、設立直後の会社の記帳と消費税の申告を担当している税理士・公認会計士が解説します。読み終えるころには、1期目の領収書を用途ごとに分け、還付申告をするかどうかと、2期目以降の計算方法を判断できます。

設立1期目に消費税の還付を受けられる会社

免税事業者と課税事業者

資本金1,000万円未満で設立した会社は、1期目と2期目に基準期間（納税義務を判定するもとになる前々期）がないため、原則として消費税の免税事業者です。ただし、大きな会社の子会社などで「特定新規設立法人」に当たる場合や、1期目の前半の売上と給与の額によって2期目に課税事業者になる場合（特定期間の判定）は除きます。免税事業者は消費税を納めない代わりに、申告をして還付を受けることもできません。

還付を受けられるのは、課税事業者になり、一般課税（実際に払った消費税を差し引いて計算する方法）で申告する会社だけです。簡易課税や2割特例は売上の消費税をもとに納める額を計算する方法なので、仕入でいくら消費税を払っていても還付は出ません。

インボイス登録で課税事業者になる場合

取引先から求められて、設立と同時にインボイス（適格請求書）の登録をする会社が増えています。令和11年9月30日までの日を含む課税期間に登録する免税事業者は、課税事業者選択届出書を出さなくても、登録した日から課税事業者になります。

設立日から登録を受けたいときは、登録申請書に「課税期間の初日から登録を受けようとする旨」を書き、1期目の末日までに提出します。そうすると、設立日にさかのぼって登録を受けたものとみなされます。末日が土日・祝日に当たっても期限は延びません（国税庁インボイスQ&A 問11）。1期目であれば、期の途中で申請しても、この方法で設立日にさかのぼれます。さかのぼらずに期の途中の日を登録日にした場合は、登録日より前に払った仕入の消費税は差し引けないので、還付を考えている会社はこの書き方で申請します。

インボイス登録をしない会社も、「消費税課税事業者選択届出書」を1期目の末日までに出せば、1期目から課税事業者になれます。ただし、選んでから2年間は免税事業者に戻れず、その間に一般課税で一の取引単位が100万円（税抜）以上の設備などを買うと、免税事業者に戻れない期間が延び、簡易課税も選べなくなります。

設立直後に出す届出は、消費税のほかにも法人税・源泉所得税・地方税と数が多くあります。全体の流れは、次の記事でまとめています。

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売上ゼロの期の課税売上割合

課税売上割合が0％になる期

課税売上割合は、その期の売上全体のうち、消費税がかかる売上が占める割合です。設立1期目は、準備だけで期末を迎え、売上がまったくない会社も少なくありません。入ってきたお金が預金の利息だけという期もあります。預金の利息は消費税がかからない非課税の売上なので、課税売上割合は0％です。

売上がまったくなく、計算の分母も分子も0になる場合について、国税庁は課税売上割合は0％（95％未満）として扱うとしています（国税庁 質疑応答事例「課税売上割合が０の場合の仕入控除税額の計算方法」）。課税売上高が5億円以下で課税売上割合が95％以上なら仕入の消費税を全額差し引けますが、売上ゼロの期はこれに当たりません。

個別対応方式と一括比例配分方式

課税売上割合が95％未満のときは、次の2つの方法のどちらかで差し引く消費税を計算します。

• 個別対応方式：仕入を「課税売上のためだけ」「非課税売上のためだけ」「共通」の3つに分け、課税売上のためだけの仕入の消費税の全額と、共通の仕入の消費税に課税売上割合を掛けた額を差し引く方法（非課税売上のためだけの仕入の分は差し引けません）
• 一括比例配分方式：仕入の消費税の合計に課税売上割合を掛けた額を差し引く方法

課税売上割合が0％の期に一括比例配分方式を使うと、差し引ける消費税は0円になり、還付は出ません。そのうえ、一括比例配分方式は2年間続けないと個別対応方式に変えられません。1期目に還付を受けるなら、個別対応方式を選び、仕入を用途ごとに分けておくことが前提です。

当事務所では、設立直後の会社の記帳から、消費税の計算方法の選択と還付の申告まで、有資格者が直接担当しております。全国どこからでもオンラインでご相談いただけます。

仕入の用途区分の分け方

課税売上のためだけの仕入

課税売上のためだけの仕入とは、消費税がかかる商品やサービスを売るためだけに使う仕入です。国税庁の通達では、そのまま売る商品、製造に使う原材料や工具、商品のための運送費・広告宣伝費などが例に挙がっています。その期に実際の売上があったかどうかは問われないので、1期目に売上がなくても、売上のためだけの仕入の消費税は全額差し引けます。どの区分でも、差し引くにはインボイス（適格請求書）と帳簿の保存が必要です。インボイスのない相手からの仕入は、差し引ける額が一部に限られます。

業種ごとの例は次のとおりです。

共通の仕入

一方で、会社全体の運営のための費用は、預金の利息などの非課税売上にも関係するとして、共通の仕入とされることが多くあります。ただし、勘定科目だけで決めるのではなく、実際に何に使ったかで判断します。共通とされやすいのは、例えば次のような費用です。

• 事務所の家賃・水道光熱費
• 事務用品、事務用のパソコン・デスク
• 打合せの飲食代、交通費、ガソリン代、駐車場代

課税売上割合が0％の期は、共通の仕入の消費税は原則として差し引けません。迷う費用は、何のために使ったかをメモに残しておくと、後で説明できます。共通の仕入には、税務署長の承認を受けた「課税売上割合に準ずる割合」を使える場合もあります。ただし、使用人の数や使用面積などの合理的な基準が必要で、その期から使うには、期の末日までに承認申請書を出し、末日の翌日から1か月以内に承認を受ける必要があります。なお、売上のためだけの仕入を抜き出し、残りをすべて共通の仕入にする分け方は認められていません（消費税法基本通達11-2-18）。1件ずつ用途を判断します。

用途区分の見直しで修正申告になった例

設立から決算まで1か月ほどしかなかった会社で、次のようなケースがあります。インボイスの登録をして課税事業者になり、1期目に一般課税で申告しました。その期の入金は預金の利息だけで、課税売上割合は0％です。

最初の申告では、準備期間に払った仕入の消費税を全額差し引き、数万円の還付を申告していました。その後、税務署から仕入の用途区分を見直すよう求められました。作業に使う道具や消耗品は課税売上のためだけの仕入として認められましたが、ガソリン代・事務用品・打合せの飲食代・駐車場代は、会社全体の準備のための費用として共通の仕入とされました。共通の仕入の分を差し引けなくなった結果、修正申告で還付額の6割ほどを納め直すことになりました。

還付申告には「消費税の還付申告に関する明細書」を付けて提出し、還付の理由や仕入の内容を書きます。売上がない期の還付は、税務署が内容を確認することがある申告です。金額が小さくても、1件ずつの用途区分を説明できる状態にしてから申告することをおすすめします。

なお、課税事業者でも、その期に課税売上がなく納める消費税もない場合は、確定申告書を出す義務はありません。還付を受けたいときに、還付申告をします。準備期間の仕入が少なく、見込める還付が用途区分の手間に見合わない場合は、還付申告をしないという判断もあります。還付を受けるかどうかは、設備や内装など大きな支払いがあるかで判断します。

2割特例終了後の消費税の計算方法の選び方

一般課税と簡易課税

インボイス登録をした小規模な事業者が使える2割特例（売上の消費税の2割を納める方法）は、法人の場合、令和8年9月30日を含む課税期間までで終わり、それより後に始まる期では使えません。個人事業者向けに新しくできた3割特例も、法人は使えません（国税庁令和8年度税制改正特集）。これから設立してインボイス登録などで課税事業者になる会社は、一般課税と簡易課税のどちらで申告するかを、1期目から選ぶ必要があります。

設備や在庫への支払いが続き、仕入の消費税が売上の消費税を上回りそうな期は、一般課税なら還付を受けられる可能性があります。反対に、利益率が高い業種や仕入が少ない業種は、業種ごとのみなし仕入率で計算する簡易課税のほうが納める額が少なくなることがあり、記帳の手間も減ります。ただし、簡易課税では還付は出ません。

簡易課税を使えるのは、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の期です。選ぶには「消費税簡易課税制度選択届出書」を出します。原則は使いたい課税期間の初日の前日までですが、事業を始めた期や、インボイス登録で課税事業者になった期は、その期の末日までに出せばその期から使えます。一度選ぶと2年間は続ける必要があります。すでに設立していて2割特例を使った会社が、次の期から簡易課税に変える場合は、届出の期限に特例があります。原則課税（一般課税）と簡易課税のどちらが有利かの考え方は、次の記事で比較しています。

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免税事業者に戻れない期間

令和5年10月1日を含む課税期間より後にインボイス登録をした免税事業者は、登録日から2年を経過する日を含む課税期間までは、免税事業者に戻れません（国税庁インボイスQ&A 問7）。また、一般課税の期に、一の取引単位で1,000万円（税抜）以上の設備や在庫など（高額特定資産）を仕入れた場合は、仕入れた期の初日から3年を経過する日を含む期まで、免税事業者に戻れず、簡易課税も選べません。1期目の還付だけを見て計算方法を決めると、2期目以降の納める額のほうが大きくなることがあります。これらの制限が終わる期までの売上と設備投資の見込みで判断します。設立1期目が短い会社では、3期分では足りないこともあります。

まとめ

• 設立1期目でも、課税事業者になり一般課税で申告すれば、消費税の還付を受けられます。
• 売上がない期の課税売上割合は0％として扱われ、個別対応方式でなければ還付は出ません。
• 差し引けるのは原則として課税売上のためだけの仕入の消費税で、共通の仕入の分は差し引けません。
• 用途区分を誤って全額を差し引くと、修正申告で還付を返すことになります。
• 法人の2割特例は令和8年9月30日を含む期までのため、これから設立して課税事業者になる会社は、一般課税か簡易課税かを1期目から選びます。

一般課税の個別対応方式で申告する会社では、用途区分は1期目だけでなく、仕訳を入力するたびに付けていく作業です。一般課税か簡易課税か、届出をいつ出すかの判断も、売上や設備投資の見込みが変わるたびに毎期くり返します。設立直後の記帳の段階から用途区分を付けておくと、決算での見直しが少なくなり、税務署から確認を受けたときにも説明できます。

当事務所では、設立直後の会社の記帳から、消費税の計算方法と届出の判断、毎期の申告まで、顧問として継続してお手伝いしております。

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※本記事は2026年11月時点の情報です。個別の税務判断はご相談ください。