【eBay輸出】消費税還付に必要な書類｜税務調査に立ち会った税理士が解説

消費税還付を受けたいけれど、輸出と仕入の書類はどこまで必要なのか。

輸出の証明書類は発送方法によって変わり、名義は原則として本人です。仕入は原則として適格請求書（登録番号など所定の事項が書かれた請求書など）が必要で、カード明細だけでは足りません。

この記事では、発送方法・仕入先ごとに必要な書類と、名義・保存方法の確認点を紹介します。eBay輸出セラーの記帳と消費税還付の申告を担当している税理士・公認会計士が解説します。

読み終えるころには、ご自身の発送記録や仕入の明細と保存済みの書類を照合し、不足する資料を確認できます。

消費税還付に向けて、輸出を証明する書類と仕入の適格請求書などを、帳簿とともに保存します。

輸出免税（輸出取引の消費税が免除される扱い）を受けるには、輸出した事実を証明する書類が必要です。一方、仕入税額控除（仕入や経費にかかった消費税を、売上の消費税から差し引くこと）には、原則として帳簿と適格請求書などの両方が必要です。

輸出の証明書類は、輸出した日を含む課税期間（消費税を計算する期間）の末日の翌日から2か月を経過した日を起点に、7年間保存します。発送方法に応じた書類と保存期間は、国税庁タックスアンサーNo.6551に示されています。

輸出の証明にはPDFなどの電磁的記録も含まれます。電子で保存する場合は電子取引の保存の決まりに準じ、整然と印刷した紙で保存することもできます。

書類の保存は消費税還付だけでなく、日々の記帳や確定申告にもつながります。eBay輸出の確定申告全体は、次の記事で解説しております。

【eBay輸出】確定申告ガイド｜売上税・為替・消費税還付と税理士費用

輸出申告をした貨物は輸出許可書を保存し、20万円以下の郵便物は引受けを証する書類などを保存します。

輸出許可書には、輸出した事業者の氏名・名称と住所、輸出年月日、品名ごとの数量・価額、仕向地が記載されます。

クーリエの輸出許可書の入手

FedEx・DHL・UPSなどのクーリエでは、輸出許可書を依頼しないと手元に届かないことがあります。配送会社に依頼して取り寄せ、発送した取引の書類がそろっているかを確認します。

日本郵便の少額郵便物の書類

20万円以下の郵便物には税関への輸出申告がないため、輸出許可書は発行されません。小包郵便物・EMSは、引受けを証する書類に加え、発送伝票等の控えも必要です。

保存する書類には、輸出した事業者の氏名・住所、品名・数量・価額、受取人の氏名・住所、引受け年月日が記載されている必要があります。

20万円の判定は、原則として郵便物1個の価額（FOB価格。原則として実際の販売金額）で行います。同じ受取人に2個以上に分けて発送するときは、合計額で判定します。

配送サービス経由の証明書類

SpeedPAK（eBayの配送サービス）の書類は、セラー向けの画面からダウンロードするか、運営会社に依頼して入手します。輸出者の名義は、取り寄せた書類で毎回確認することをおすすめします。他社の名義になっている場合は、次の章で説明する手続が必要です。

eLogi・広げてなどの配送をまとめるサービスも、どのアカウント・会社の名義で輸出申告されたかによって名義が変わるため、輸出許可書の輸出者欄を確認します。

2026年10月に当事務所が立ち会った税務調査では、最初に輸出許可書をすべて保管しているか確認され、配送会社から取り寄せていない分がありました。

調査官は数年分の輸出の書類をPDFのデータで確認したうえで、輸出許可書の中から何枚かを選んで印刷するよう求めました。輸出の書類がなければ、輸出免税の確認ができないという趣旨の説明でした。

税務調査当日の流れは、次の記事で解説しております。

【eBay輸出】税務調査の当日に見られること｜立ち会った税理士が指摘事項を解説

輸出免税の証明は、原則として輸出許可書の輸出者欄に名前が記載された事業者のものです。

自分のアカウントで発送し、輸出者欄が本人の氏名・法人名であれば、名義について追加の手続は不要です。同じ調査でも、本人の名前であれば名義に関する追加の書類は不要との確認がありました。

輸出者の欄が配送会社や配送サービスなど他社の名義で、実際の輸出者が本人である場合は、国税庁の質疑応答事例で示されている次の手続が必要です。

• 実際の輸出者が輸出許可書の原本を保存します。
• 実際の輸出者が、名義人の事業者に消費税輸出免税不適用連絡一覧表を渡します。
• 名義人の事業者が、確定申告時に一覧表の写しを税務署へ提出します。

これらを条件に、実際の輸出者が輸出免税を受けられます。一覧表を渡していないと、他社名義の輸出許可書は本人の輸出の証明になりません。取り寄せた輸出許可書の名義を確認し、他社名義のものがあれば、その事業者ごとに一覧表を作成して渡すことをおすすめします。

なお、名義を借りることについて手数料（名義貸しの手数料）を支払う場合、その手数料は国内の課税仕入（仕入税額控除の対象となる仕入や経費）であり、輸出免税にはなりません。

2026年10月1日以後は、輸出の代金を現金や取引相手以外の人から受け取ると、相手国の輸入許可書なども保存する必要があります。

対象になるのは、海外の買い手が来日して現金で支払う場合や、国内の知人・仲介者から代金を振り込んでもらう場合などです。銀行振込などで、取引相手から受け取ったことが金融機関等の記録で明らかな場合は対象になりません。

eBayでも、リピーターとeBayの外で直接取引をし、現金や本人以外の名義の振込で代金を受け取ると当てはまります。相手国の輸入許可書は通常セラーが入手できない書類で、そろえられないとその売上は輸出免税にならず、消費税がかかります。直接取引の代金は、買い手本人の名義の口座から振り込んでもらうことをおすすめします。

なお、eBay（Payoneer経由）の入金の扱いは国税庁から示されていないため、eBayの取引レポート・Payoneerの入金明細・銀行の入金記録を、注文ごとにつながる形で残しておくことをおすすめします。

当事務所では、eBay輸出の記帳から消費税還付の申告まで、有資格者が直接担当しております。全国どこからでもオンラインでご相談いただけます。

仕入税額控除は帳簿と適格請求書などの保存が原則であり、カード明細だけでは書類が足りません。

カード明細だけの保存不足

カードの利用明細はカード会社が発行するもので、販売した店の登録番号や税率ごとの消費税額は記載されていません。明細だけでは何を購入したかも確認できないため、仕入税額控除の書類として不足します。

当事務所が立ち会った調査でも、カード明細だけで記帳していたネット購入分について、購入履歴や請求書を示すよう求められました。日付・金額・相手先・内容が分かる資料が必要という説明でした。

ネット仕入の適格請求書

ネット仕入は、通販サイトの購入履歴から領収書・請求書を取得し、適格請求書の要件を満たすか確認します。発行事業者の登録番号、税率ごとに区分した金額と適用税率、消費税額などが確認点です。書類の名称は問わず、納品書や領収書でも、これらの事項が書かれていれば適格請求書になります。

同じ調査では、商品に同封された納品書に登録番号がなく、要件を満たしていない可能性を指摘されました。登録番号などが書かれた請求書を通販サイトから取得して保存すれば、要件を満たせるとの説明でした。

適格請求書の記載事項は、国税庁タックスアンサーNo.6625で確認できます。

古物商の特例と少額特例

古物商の特例（所定の古物の仕入について帳簿だけで控除できる制度）は、古物商の許可を受けた事業者が、適格請求書を発行できない個人などから販売用の古物を購入する場合に適用されます。

帳簿には特例の対象である旨などを記載します。相手の住所の記載が必要なのは、古物営業法で古物台帳（古物の取引を記録する帳簿）に住所を記載する取引です。原則は1万円以上の取引ですが、家庭用コンピュータゲーム・CD・DVD・書籍などは1万円未満でも記載が必要です。

古物商の特例については、次の記事で詳しく解説しております。

【メルカリの消費税】仕入はインボイスなしで100％控除｜古物商特例を税理士が解説

少額特例（一定規模以下の事業者が、少額の仕入を帳簿だけで控除できる制度）もあります。前々年（法人は前々事業年度）の課税売上高が1億円以下などの事業者は、令和11年9月30日までに行う税込1万円未満の仕入について、帳簿だけで控除できます。1万円未満かどうかは、商品1つごとではなく、1回の取引の合計額で判定します。

帳簿だけで控除できる取引は、国税庁タックスアンサーNo.6496に掲載されています。

eBay手数料の請求書

eBayの手数料は、Tax Invoice（eBayが発行する手数料の請求書）で消費税の内訳を確認します。返金（refund）と購入者保証の請求（claims）は、手数料とは別の項目として確認します。

同じ調査では、課税仕入の対象となる手数料が計上されていない可能性や、返金・購入者保証の請求の内訳を確認されました。

国内から国外への貨物の国際送料には日本の消費税がかからないため、課税仕入にはなりません。

国際輸送は、配送会社の側で輸出免税となる取引で、国際送料に日本の消費税は含まれていません。課税仕入として入力すると、その分だけ還付額が多くなり、税務調査で修正を求められます。当事務所が立ち会った調査でも、国際送料を課税仕入として計上していた点を指摘されました。

国内の運送でも、国際輸送の一環であることが契約で明らかなものは、国際輸送に含まれます。一方、国内配送・梱包資材・国内で受けるサービスなど、国内だけで完結する費用は課税仕入です。

配送サービスの請求書に国際運送と国内サービスの両方が載っている場合は、請求総額ではなく明細を分けて確認します。

【eBay輸出】経費にできるもの一覧｜手数料・送料の消費税還付の扱いまで税理士が解説

消費税還付についてのよくある質問は、次の記事で解説しております。

【eBay輸出】消費税還付のよくある質問14選｜実際の相談に税理士が回答

• 輸出の証明書類は発送方法で異なり、7年間の保存が必要です。
• 輸出許可書の名義は原則として本人で、他社名義の場合は消費税輸出免税不適用連絡一覧表の手続が必要です。
• 2026年10月1日以後は、代金を現金や取引相手以外の人から受け取ると、相手国の輸入許可書なども必要です。
• 仕入税額控除には原則として帳簿と適格請求書などが必要で、カード明細だけでは不足します。
• 国際送料は課税仕入にならず、国内だけで完結する費用とは分けて扱います。

毎月の輸出許可書の取り寄せと名義の確認、仕入の適格請求書の保存、国際送料と国内費用の区分は、来年以降も続く作業です。これらの記録と書類をもとに、年1回の消費税還付の申告を行います。

当事務所では、eBay輸出の毎月の記帳から、消費税還付の申告、税務調査の立会いまでお手伝いしております。

eBay輸出の税理士・記帳代行