インボイス制度とは？仕組みと2026年の変更点を税理士がわかりやすく解説

はじめに

こんにちは、税理士法人淀川パートナーズの堀です。

「インボイス制度って結局どういう仕組み?」「開業したばかりだけど、登録しないとどうなるの?」と悩んでいませんか?

インボイス制度は2023年10月に始まった消費税の仕組みで、2026年は「2割特例の終了」「控除割合の切り替え」など大きな動きがある年です。

この記事では、インボイス制度の基本の仕組みを基本から整理したうえで、2026年に変わるポイントまで、税理士がわかりやすく解説します。

インボイス制度とは？

制度の概要

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、登録番号などが記載された「適格請求書（インボイス）」を売り手が発行し、買い手がそれを保存することで、消費税の仕入税額控除が受けられる仕組みです。2023年（令和5年）10月1日から始まりました。

ポイントは、インボイスを発行できるのは「適格請求書発行事業者」として登録した課税事業者だけという点です。基準期間（2年前）の課税売上高が1,000万円以下の事業者は本来消費税の納税が免除されますが（免税事業者）、免税事業者のままではインボイスを発行できません。

このため、「免税のままでいるか、登録して課税事業者になるか」という選択が、多くの個人事業主・小規模事業者に迫られることになりました。

（売り手側）適格請求書の発行

登録した事業者は、取引先（課税事業者）から求められたときにインボイスを交付し、その写しを保存する義務があります。インボイスには、次の事項の記載が必要です。

• 発行事業者の氏名または名称と登録番号
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象品目である場合はその旨）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額と適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額等
• 書類を受け取る事業者の氏名または名称

従来の請求書との大きな違いは、登録番号・適用税率・税率ごとの消費税額の3点です。請求書の様式がこの要件を満たしているか、一度確認しておきましょう。

（買い手側）仕入税額控除

仕入税額控除とは、売上で預かった消費税から、仕入れで支払った消費税を差し引く仕組みです。

たとえば、商品を2,000円（消費税200円）で仕入れて3,000円（消費税300円）で販売した場合、納める消費税は「300円－200円＝100円」です。この「200円を差し引く」部分が仕入税額控除です。

インボイス制度では、原則としてインボイスの保存がなければこの控除ができません。つまり、免税事業者（インボイスを発行できない事業者）からの仕入れは、買い手側の納税額が増えてしまう構図になっています。ただし、後述のとおり、当面は一定割合を控除できる経過措置が設けられています。

2026年に変わること

2割特例は個人事業主なら2026年分が最後

「2割特例」とは、インボイス登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった事業者が、納税額を「売上で預かった消費税の2割」にできる負担軽減措置です。

2割特例は2026年（令和8年）9月30日を含む課税期間で終了します。個人事業主は2026年分の確定申告が最後です。

その後の受け皿として、令和8年度税制改正で「3割特例」が新設されました。個人事業主限定（法人は対象外）で、2027年分・2028年分の2年間、納税額を売上税額の3割にできる措置です（基準期間の課税売上高1,000万円以下が要件）。

2割特例の終了時期と3割特例の詳しい要件は、こちらの記事で解説しています。

【2026年最新】インボイスの2割特例はいつまで？新設「3割特例」の要件と簡易課税の選択期限を税理士が徹底解説

免税事業者からの仕入れは2026年10月から70%控除に

買い手側の経過措置も、2026年10月に節目を迎えます。免税事業者などからの仕入れは、現在は仕入税額相当額の80%を控除できますが、2026年（令和8年）10月1日からは70%に下がります。

その後は2028年10月から50%、2030年10月から30%と段階的に下がり、2031年10月に控除は廃止されます。「2026年10月から50%」という情報を見かけることがありますが、これは改正前の古いスケジュールなのでご注意ください。

経過措置の詳しいスケジュールと納税額への影響の試算は、こちらの記事をご覧ください。

【2026年10月から70%へ】インボイス80%控除はいつまで？税理士が解説

免税事業者への影響

取引先との関係で不利になる場合がある

免税事業者のままでいると、買い手側は仕入税額控除が制限されるため、取引条件の見直しや値下げの相談を受けたり、インボイス登録事業者との取引が優先されたりする可能性があります。

影響の大きさは取引先の顔ぶれによって変わります。主な取引先が課税事業者（法人など）なら影響は大きく、一般消費者や免税事業者が中心なら影響は限定的です。たとえば消費者向けの店舗や教室であれば、慌てて登録する必要がないケースも多くあります。

登録すると事務負担と納税義務が発生する

一方、登録して課税事業者になると、次の負担が生じます。

• 消費税の納税義務：これまで免税だった消費税を申告・納付する必要がある
• 経理事務の増加：消費税の区分経理や、インボイスの発行・保存の管理が必要になる
• 請求書様式の変更：登録番号・適用税率・税率ごとの消費税額を記載する様式に変える必要がある

「登録すべきかどうか」は、取引先の構成と、特例を使った場合の納税額シミュレーションで判断するのが原則です。ただし、業種や今後の売上見込みによって答えが変わるケースもあります。迷ったら一度ご相談ください。

登録すべきかどうかの具体的な判断ポイントは、こちらの記事で詳しく解説しています。
【個人事業主必見】インボイス制度に登録すべき？免税事業者が知っておきたい判断ポイントとは？

まとめ

最後に、この記事のポイントを整理します。

• インボイス制度は、適格請求書の発行・保存を仕入税額控除の要件とする消費税の仕組み（2023年10月開始）
• インボイスを発行できるのは登録した課税事業者のみ。免税事業者は発行できない
• インボイスには登録番号・適用税率・税率ごとの消費税額の記載が必要
• 2割特例は個人事業主なら2026年分が最後。終了後は3割特例（個人限定・2年間）や簡易課税を検討する
• 免税事業者からの仕入れの経過措置は、2026年10月から80%→70%に切り替わる（50%は改正前の古い情報）
• 登録すべきかどうかは、取引先の構成と納税額シミュレーションで判断する

※本記事は2026年7月時点の情報です。個別の税務判断はご相談ください。

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堀　真彰

税理士・公認会計士

大手監査法人で上場企業の監査に従事。 若手起業家を税務の面から支援したい考え、小西とともに弊社を設立。 税務申告の代行者だけではなく、経営のパートナーとして信頼される税理士を目指しています。