【eBay輸出】消費税還付のよくある質問10選｜実際の相談に税理士が回答
この記事を書いた人小西 椋磨（税理士 / 公認会計士）
「開業から2年間は消費税がかからないと聞きました。インボイス登録はしないほうが得ですか？」
eBay輸出の消費税還付について、当事務所にはこうしたご質問を多くいただきます。この記事では、実際にいただいた質問の中から特に多かった10個を選び、国税庁の資料を示しながら回答します。eBay・Amazonなど物販事業者の記帳と申告を担当している税理士・公認会計士がまとめました。還付を受けられるかどうか、いま何をしておくべきかを確認する材料として、お役立てください。
還付を受ける前に確認したい3つの質問
Q1. 開業から2年間は消費税がかからないと聞きました。インボイス登録しないほうが有利ですか？
eBay輸出が中心なら、多くの場合は登録して課税事業者になるほうが有利です。
開業から2年間は、原則として消費税を納めなくてよい「免税事業者」になります。前々年の売上（基準期間の課税売上高）がないためです（国税庁 No.6501 納税義務の免除）。
ただ、免税事業者は消費税を納めない代わりに、還付も受けられません。輸出の売上には消費税がかからない一方で、国内の仕入れや送料、eBayの手数料には消費税が含まれています。課税事業者になれば、この支払った消費税が戻ってきます。
課税事業者になる方法は2つあります。
- 消費税課税事業者選択届出書を提出する（開業した年は、その年の12月31日までに出せばその年から課税事業者になれます）
- インボイス発行事業者の登録をする（登録希望日から課税事業者になります。この扱いは令和11年9月30日を含む課税期間まで）
一方で、国内での販売が中心で、仕入れにかかる消費税より売上で預かる消費税のほうが多い方は、免税のままのほうが有利なこともあります。また、課税事業者選択届出書は一度出すと原則2年間やめられません。売上の中身で判断が変わるため、迷ったら開業の時点で相談することをおすすめします。
eBay輸出が中心なら、「2年間の免除」を使うより、課税事業者になって還付を受けるほうが有利になることが多いです。
Q2. 消費税の還付を受けるには、何をすればいいですか？
やることは大きく3つです。
- 課税事業者になる（Q1の届出またはインボイス登録）
- 帳簿と書類を保存する：仕入れの請求書・領収書、eBayのTax Invoice、輸出を証明する書類（Q10）
- 消費税の確定申告をする：個人事業主は翌年3月31日が期限です。還付は申告をして初めて受けられます
注意したいのは、簡易課税制度（売上から概算で消費税を計算する方法）を選んでいると還付は受けられないことです。簡易課税では、売上で預かった消費税をもとに差し引ける額を計算するため、輸出で預かった消費税が0円なら差し引ける額も0円になるからです。輸出が中心の方は、実際に支払った消費税をもとに計算する方法（本則課税）を選びます。
eBay輸出の確定申告の全体像は、こちらの記事で詳しく解説しています。
Q3. インボイス登録より前に仕入れたものも、還付の対象になりますか？大きな仕入れはいつすればいいですか？
登録前（免税事業者だった期間）の仕入れは、還付の対象になりません。 還付の対象になるのは、課税事業者になった日以後の仕入れだけです。そのため、まとまった仕入れは登録日以後に行うのが原則です。
よくいただくのが「登録前に代金を払ってしまうと対象外になりますか？」というご質問です。基準になるのは支払った日ではなく、商品を受け取った日（サービスなら提供を受けた日）です。前払いした商品が登録日以後に届いた場合は、届いた日の仕入れとして扱います。
また、例外として、課税事業者になる日の前日に売れ残っている在庫は、課税事業者になって最初の申告で、その仕入れにかかった消費税を差し引けます。この扱いを受けるには、その時点の在庫の明細（品名・数量・仕入れ金額など）を作って保存しておく必要があります。登録日をまたいで在庫を持つ場合は、登録日の前日の在庫を記録しておくことが大切です。
開業日や登録日の決め方は、こちらの記事で解説しています。
還付の対象は課税事業者になった日以後の仕入れだけなので、大きな仕入れは登録日を確認してから行うのが安全です。
仕入れ・外注の消費税についての質問
Q4. メルカリの匿名配送で買ったものも還付されますか？
メルカリの個人出品者はインボイスを発行できないため、原則として消費税を差し引けません。ただし、次の2つの特例があります。
| 仕入れの内容 | 扱い |
|---|---|
| 1回の取引が税込1万円未満 | 少額特例で、帳簿の記録だけで全額差し引ける（前々年の売上が1億円以下などの条件あり。令和11年9月30日まで） |
| 1万円以上で、古物商許可を持って中古品を仕入れた | 古物商の特例で、帳簿の記録だけで全額差し引ける |
| 1万円以上で、上のどちらにも当たらない | 経過措置で一部だけ差し引ける（2026年10月1日からは70%） |
（根拠：国税庁 少額特例の概要、国税庁 No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存）
新品か中古かは見た目ではなく、古物営業法上の「古物」に当たるかで判断します。
注意したいのは、古物商の特例を使うには、帳簿に相手の氏名や住所などを記録する必要があることです。匿名配送では相手の情報がわからないため、1万円以上の取引では古物商の特例を使えず、経過措置の70%になることが多くなります。仕入れの金額が大きい場合は、相手の情報を確認できる買い方かどうかも、戻ってくる消費税に影響します。詳しくはこちらの記事をご覧ください。
メルカリ仕入れは「1万円未満か」「古物商許可で中古品を買ったか」で、戻ってくる消費税の割合が変わります。
Q5. 外注先がインボイス未登録だと、その分は還付されませんか？
出品やリサーチを外注している方からよくいただく質問です。外注先がインボイス未登録でも、経過措置により一部は差し引けます。割合は時期によって段階的に下がります。
| 仕入れ・外注の時期 | 差し引ける割合 |
|---|---|
| 2026年9月30日まで | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
（根拠：国税庁 No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）、国税庁 インボイスQ&A 経過措置）
経過措置を使うには、外注先から日付・内容・金額などが書かれた請求書を受け取り、帳簿に経過措置の対象であることを記録しておく必要があります。外注先が立て替えた経費（送料など）は、扱い方で結果が変わります。報酬に含めて請求してもらうと、その全額が外注費として経過措置の対象になります。立替金として分けて精算する場合は、外注先に立替えの明細（日付・支払先・金額・税率・内容）を書いてもらい、実際の支払先が発行した領収書もあわせて受け取ります。
外注先がインボイス未登録でも、今月（2026年10月）からは70%まで差し引けます。請求書と帳簿の記録がそろっていることが条件です。
還付金の入金と、早く受け取る方法についての質問
Q6. 還付金はいつ振り込まれますか？まだ入らないのは普通ですか？
当事務所の経験では、申告してから1〜1.5か月ほどで振り込まれることが多いです。ただし、次のような場合は時間がかかります。
- 初めて還付を受ける
- 還付の金額が大きい
- 仕入れや輸出の内容について、税務署が確認したいことがある
こうした場合、税務署から書類の提出や内容の確認の連絡が来ることがあり、確認が終わるまで還付は保留になります。連絡が来たからといって、何か間違いがあったとは限りません。書類がそろっていれば、確認が終わり次第振り込まれます。
税務署から連絡が来たときの対応は、こちらの記事で解説しています。
Q7. もっと早く還付を受ける方法はありますか？
課税期間（消費税を計算する期間）を、1年から3か月や1か月に短くする方法があります。届出をすると、3か月ごと、または毎月申告して還付を受けられるため、仕入れの資金が早く戻ってきます。
一方で、申告の回数が年4回または12回に増え、一度選ぶと原則2年間はやめられません。税理士に依頼している場合は、申告の回数に応じて費用も増えるのが一般的です。早く戻る資金の効果と、手間や費用を比べて判断します。
還付を早く受けたい場合は課税期間を短くする方法がありますが、申告の回数が増えるため、仕入れの規模とあわせて判断します。
インボイス登録と還付金の扱いについての質問
Q8. インボイス登録すると、名前や住所が公開されますか？会社に副業がばれますか？
個人事業主の場合、国税庁の公表サイトで公表されるのは、氏名、登録番号、登録年月日です（登録をやめた場合はその日付も）。住所や電話番号は公表されません。 屋号や事務所の所在地は、本人が希望した場合だけ公表されます。
（根拠：国税庁 インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト よくある質問）
公表サイトは登録番号から検索する仕組みです。ただし、登録情報をまとめてダウンロードすることもできるため、氏名から登録の有無を調べられる可能性はあります。「事業をしていること自体を誰にも知られない」とまでは言えない点は、承知しておく必要があります。
なお、副業が会社に知られるきっかけとして多いのは、インボイスよりも住民税です。副業の所得が増えると、会社から天引きされる住民税の額が変わるためです。住民税の対策は、こちらの記事で解説しています。
Q9. 還付金は所得になりますか？
経理の方法によって変わります。
- 税抜経理（売上や経費を消費税抜きの金額で記帳する方法）：還付金は所得に影響しません
- 税込経理（消費税込みの金額で記帳する方法）：還付金は雑収入として所得に含まれます
税込経理の場合、原則として還付の申告書を提出した年の収入になります。たとえば2026年分の還付を2027年3月に申告したら、2027年の収入です。ただし、2026年の年末に還付される金額を計算し、未収入金として帳簿に計上すれば、2026年の収入にすることもできます（国税庁 No.6901 納付税額または還付税額の経理処理）。
なお、還付が遅れたときに上乗せされる「還付加算金」（利息にあたるもの）は、経理の方法にかかわらず、受け取った年の雑所得になります。
税込経理の場合、還付金は翌年の収入になるのが原則なので、翌年の所得税まで見込んで資金計画を立てることが大切です。
書類の保存についての質問
Q10. 輸出したことを証明する書類は、何を保存しておけばいいですか？
輸出の売上が消費税0%（輸出免税）になるには、輸出した証明が必要で、7年間の保存が義務づけられています（国税庁 No.6551 輸出取引の免税）。発送方法によって、保存する書類が違います。
| 発送方法 | 保存する書類 |
|---|---|
| 郵便で、1回の価額が20万円以下（小包・EMS） | 日本郵便の引受けを証する書類と、発送伝票の控え（品名・数量・価額・受取人などが書かれたもの） |
| 郵便で、1回の価額が20万円超 | 税関の輸出許可書 |
| 輸出の許可を受ける貨物（FedEx・DHLなど、輸出申告をする発送） | 税関の輸出許可書（発送業者から控えを取り寄せて保存） |
このほか、還付の確認の連絡が来たときに説明できるよう、eBayの注文データ、Tax Invoice（eBayの手数料にかかる消費税の証明）、Payoneerの入金明細、仕入れの請求書・領収書を、取引ごとにつながる形で保存しておくことをおすすめします。発送のときに作るインボイス（商業インボイス）も、取引の内容を示す書類として残しておくと安心です。
輸出の証明書類は発送方法で変わり、7年間の保存が必要です。eBayの注文データと仕入れの書類も、取引ごとにつながる形で残しておきます。
消費税還付は「毎年続く手続き」です
ここまでの10の質問は、どれも一度だけで終わる話ではありません。課税事業者の届出、仕入れのタイミング、特例の使い分け、書類の保存、確認の連絡への対応は、eBay輸出を続けるかぎり毎年、課税期間を短くしていれば毎月、続きます。また、経過措置の割合のように、制度そのものが時期によって変わる部分もあります。
消費税還付は、届出・仕入れ・書類保存・申告が毎年つながる手続きなので、最初に仕組みを整えておくと、その後の還付がスムーズになります。
当事務所では、eBay輸出事業者の記帳代行、消費税の還付申告、届出の手続き、税務署からの確認への対応を、完全オンラインで全国からお引き受けしております。この記事にない疑問も、実際の取引をもとにお答えいたします。
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